Les activités du SNCS sont menées sous l’égide du Congrès qui décide des orientations du syndicat. Ces orientations sont suivies entre deux réunions du Congrès par la Commission administrative qui décide des actions du syndicat. Le Bureau national met en œuvre les actions. Le Secrétaire général représente le syndicat et anime le Bureau national. Les activités du syndicat se déclinent également de manière géographique (Sections locales), thématique (Secteurs thématiques) et scientifique (Secteurs scientifiques).

Le syndicat est dirigé et administré dans l’intervalle entre les Congrès – et dans le cadre des orientations votées par le Congrès – par une Commission administrative. La Commission administrative est formée de membres élus et composée en deux parties : élus au titre des textes d’orientation, élus au titre des secteurs et sections. Les membres sont constitués de binômes titulaire / suppléant.
Voir les articles relatifs à la Commission administrative

Là où existe un groupe de membres du SNCS, ils peuvent se constituer, après approbation par la Commission administrative, en section locale. Un membre du SNCS ne peut être affilié que d’une section locale.

Un bureau est en charge d’organiser les débats et activités de la section. Il comprend au moins un secrétaire en charge de représenter la section locale. Dans la mesure où ils l’acceptent, la liste ci-dessous fournit les contacts des secrétaires de section.

Les Membres du SNCS appartenant à un organisme de recherche ou se trouvant dans une situation spécifique, peuvent constituer un Secteur thématique ayant pour mission propre d’examiner et de régler leurs problèmes particuliers. Un Secteur thématique d’organisme règle les questions propres à son domaine et en particulier peut assurer les rapports avec un Ministère de tutelle autre que celui en charge de la Recherche et son organisme de tutelle, dans le cadre des décisions de Congrès. La création d’un Secteur thématique est décidée par le Congrès

Les Membres du SNCS appartenant à une même communauté scientifique peuvent se constituer en Secteur scientifique pour animer des débats et coordonner des actions. La création d’un Secteur scientifique est décidée par la Commission administrative.

Un bureau de secteur est en charge d’organiser les débats et activités. Il comprend au moins un secrétaire en charge de représenter le secteur. Dans la mesure où ils l’acceptent, la liste ci-dessous fournit les contacts des secrétaires de secteur.