L’activité du SNCS-FSU se décline localement en sections géographiques. Chaque section élit en son sein un bureau et un·e secrétaire de section. Les sections géographiques se réunissent pour discuter des orientations du syndicat, pour organiser les actions localement, pour accompagner les collègues ou toute autre activité syndicale. A l’occasion du congrès du SNCS, les sections syndicales élisent des mandataires qui participent aux débats et votent sur l’orientation du syndicat.
Les sections nationales permettent de mettre en lien des syndiqués de secteurs géographiques différents ayant en commun des sujets spécifiques.